天启一朝，历经西南之役、辽东之役及科举大案、武力推行新盐法等事件以后，朱由校手中的皇权实际上已经很高。
也就是说，现在掌握天下卫所及军务的兵部存在，已经威胁到了皇权。
而作为皇帝的朱由校，自然看不惯身边一直有这样一个职权远超过其余五部的兵部。
自然而然，天启年兵部还政的发生，也就是必然的结果。
这是身为皇帝的朱由校的另一步加强中央集权的措施，也是针对糜烂至今卫所制的一项逼不得已的整改。
其实，景泰一朝，于谦实际掌握的兵部，其权利就已经包括了五军都督府的军队指挥、管理权。
而当时作为皇帝的景泰皇帝，不得不倚靠以于谦为首的文官集团来保住自己的地位。
文官集团势力的扩张，武勋集团的覆没，都使得五军都督府的权力转移到兵部的这种事在潜移默化的发生。
夺门之变以后，于谦虽然死了，但从他开始的兵部权力上升并没有停止，文官们依旧在逐渐攫取五军都督府的职权。
武勋集团日益衰微，最终完全丧失对于各地将领升迁，兵员调用、卫所军屯的管辖权。
到如今天启年间，各地的都司卫所任命官员，连呈送五军都督府的步骤都直接省去。
这也就说明，现在这个时候的五军都督府实际上只是一个空壳了，显然早已彻底丧失对武官的选拔、任命权。
至于军队操练和军情声息之事，现在的五军都督府也是无权干预。
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